分子动力学模拟研究麦芽糖结合蛋白的识别机理

　　

麦芽糖结合蛋白(MBP)是一种结合麦芽糖分子并将其转运到麦芽糖ATP结合盒(ABC)转运体MalFGK₂上的外质蛋白。由于MBP识别麦芽糖的机理尚未完全清楚，本研究采用伞状采样、时间结构独立成分分析(tICA)和马尔可夫态模型(MSM)来研究MBP的动力学行为。结果表明，麦芽糖的结合机理是诱导契合机理和构象选择机理的结合。开放构象、半封闭构象和封闭构象在无糖的MBP中普遍存在。MBP结合糖之后从开放构象到封闭构象的过程是自发的。结构域闭合过程中最慢的运动与铰链β4的构象变化、α5、β7和β8的运动有关；第二慢的运动与α13和铰链β12的构象变化有关。残基Glu153和Glu111在结合麦芽糖分子方面起着重要作用，Glu111同时起到触发构象变化的作用，残基Glu328在稳定开放构象方面至关重要。

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